Управление Образовательным учреждением строится на принципах единоначалия и самоуправления.

Единоличным исполнительным органом Образовательного учреждения является руководитель Образовательного учреждения — директор.

• Директор – Орлова Инна Николаевна

Коллегиальными органами управления Образовательным учреждением являются:

• Общее собрание работников (Положение об Общем собрании работников МБОУ СОШ № 59 г. Пензы им. Е.П. Паролина) 
• Педагогический совет (Положение о Педагогическом совете МБОУ СОШ № 59 г. Пензы им. Е.П. Паролина)

В целях учета мнения обучающихся, родителей (законных представителей) несовершеннолетних обучающихся и педагогических работников по вопросам управления образовательным учреждением и при принятии образовательным учреждением локальных нормативных актов, затрагивающих их права и законные интересы, по инициативе обучающихся, родителей и педагогических работников созданы

• Управляющий совет (Положение о Управляющем совете МБОУ СОШ № 59 г. Пензы им. Е.П. Паролина)
•  Ученический совет «Совет первых»

В образовательной организации действует Профессиональный союз работников.

В целях урегулирования разногласий по вопросам реализации права на образование, в том числе в случае возникновения конфликта интересов педагогического работника, применения локальных нормативных актов, обжалования решений о применении к обучающимся дисциплинарного взыскания в Образовательном учреждении создается Комиссия по урегулированию споров между участниками образовательных отношений (Положение о комиссии по урегулированию споров между участниками образовательных отношений в МБОУ СОШ № 59 г. Пензы им. Е.П. Паролина)